San Joaquín se encuentra a una altitud aproximada de 1054 msnm, entre la vía que conecta a las ciudades de Heredia y Alajuela. Esta ciudad es la cabecera del distrito de San Joaquín, cantón de Flores, provincia de Heredia, Costa Rica.
El ambiente que se respira en la ciudad es de tranquilidad, con una mayoría residencial y pocos comercios, y con calles angostas al mejor estilo de un pueblo colonial.
Todo queda muy cerca, por ejemplo, comercios como bancos, farmacias, panaderías y sodas; algunos centros educativos como la Escuela Estados Unidos de América e instituciones como el ICE y la Municipalidad del Cantón de Flores.
Entre sus atractivos principales está la Parroquia de San Joaquín de Flores, localizada en el centro de la ciudad, frente a la plaza de deportes.
Este lugar cuenta, además, con una estación del tren interurbano que transita en la Gran Área Metropolitana y atraviesa este distrito de este a oeste y viceversa.